Die Flöte sollte nach jedem Spielen komplett Innen (normales Tuch) sowie Außen (Mikrofasertuch) gereinigt werden. Vor allem Silberflöten, aber auch niedere Goldlegierungen laufen schnell an, vor allem wegen eventueller Fettrückstände der Haut.
Dazu nimmt man das Kopf- und das Fußstück genauso ab, wie es zuvor zusammengesteckt war. Alle drei Teile werden vorerst wieder in den Kasten gelegt - so sind sie am sichersten aufgehoben. Dann wickelt man ein Baumwolltuch so um den Wischerstab, dass die Flöte in der Innenseite nicht verkratzt werden kann. Die Teile nimmt man dann nacheinander aus dem Kasten und reinigt sie folgendermaßen:
In den Klappen sind so genannte "Polster" eingebaut. Diese bestehen aus elastischem Material (aus einem Karton, einer Schicht Filz und so genannter Fischhaut aus hauchdünnem Schafsdarm) und haben die Aufgabe, die Tonlöcher luftdicht zu verschließen. Die Polster sind ein sehr empfindlicher Teil der Querflöte, darum sollte man sie nie mit den Fingern oder dem Putztuch berühren. Zum Teil werden die Polster bei professionellen Flöten heute aus synthetischen Materialien mit geringerer Dämpfung des Tones, besserer Resonanz und größerer Haltbarkeit hergestellt (Straubinger Pads, JS Gold Pads u. a.).
Nach einer gewissen Zeit verfärbt sich das Silber bei den meisten Flöten an einigen Stellen schwarz. Man kann eine "angelaufene" Flöte mit einem Silberputztuch vorsichtig reinigen. Das sollte man jedoch nicht allzu oft tun, da immer auch ein Stück der Versilberung abgetragen wird. Auch die Mechanik und die Klappen sind empfindlich. Beim Polieren muss man hier besonders behutsam vorgehen, da sie sich sehr leicht verbiegen können und die kleine Federn und Achsen schnell beschädigt werden können. Solche Arbeiten sollten lieber von einem Fachmann gemacht werden.
Die Flöte hat eine feine Mechanik, die mit Öl versorgt und nachgestellt werden muss. Die Polster werden, wenn sie abgenutzt sind, ausgetauscht. Man sollte eine Querflöte nicht zu lange zusammengesetzt liegen lassen, da sie sonst verstaubt oder gar rostet. Das Instrument sollte niemals bei offenem Fenster, in der Sonne oder auf der Heizung liegengelassen werden, weil die Haut der Polster auf Temperatur- und Feuchtigkeitsschwankungen reagiert. Außerdem sollten die Putztücher nicht im Flötenkoffer aufbewahrt werden, da die Flöte dann schneller verstaubt und die Polster Feuchtigkeit ziehen und darunter leiden.